实用生物信息教程
北京大学 罗静初
Linux 十大常用命令
No
命令
功
能
实
例
1
mkdir
创建目录
mkdir do
mkdir do/align
mkdir –p blast/hba/209
2
rmdir
删除目录
rmdir tmp
3
cd
改变目录
Cd
cd do
cd ..
cd ../do/tree/7hba
4
ls
显示文件信息
ls
ls -l
ls *.fasta
ls /tmp/seq*
ls –lR
5
cat
编辑文件
cat seq1
cat > seq1
cat >> seq1
6
less
显示文件内容
more myseq
7
cp
复制文件
cp seq1 seq2
cp ../seq/hba_human.sw .
cp /tmp/seq1 .
cp *.fasta ../keep/
8
mv
更改文件名
mv seq1 seq2
9
rm
删除文件
rm seq2
rm *.txt
rm tmp/seq.*
rm –rf tmp
10
chmod
改变权限
chmod –w seq1.fasta
chmod +w *.needle
chmod 755 *
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命令
1:
mkdir
用途:创建目录
实例
1:mkdir do
含义:在当前目录下创建名为 do 的子目录
实例
2:mkdir do/align
含义:在子目录 do 下创建名为 align 的子目录(子目录 do 已经存在)
实例
3:mkdir –p hba/tree
含义:在当前目录下创建名为 hba 的子目录,并在子目录 hba 下创建名为 tree 的子目录
命令
2:
rmdir
用途:删除目录
实例
1:rmdir tmp
含义:删除当前目录下名为 tmp 的子目录,该子目录中没有文件和子目录
命令
3:
cd
用途:改变目录
实例
1:cd
含义:回到用户主目录,即登录时进入的目录
实例
2:cd do
含义:进入子目录 do
实例
3:cd ..
含义:回到上级目录
实例
4:cd hba/tree
含义:直接进入子目录 hba 下的 tree 子目录
实例
5:cd ../do/align
含义:进入上级目录 do 下的 align 子目录
命令
4:
ls
用途:显示文件或目录
实例
1:ls
含义:显示当前目录下子目录和文件名
实例
2:ls -l
含义:显示当前目录下子目录和文件名详细信息,包括属性、权限、大小和创建日期等
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实例
3:ls *.fasta
含义:显示当前目录下所有以.fasta 结尾的文件
实例
4:ls hba/hba_*
含义:显示子目录 hba 下所有以 hba_起始的文件
实例
5:ls /tmp
含义:显示/tmp 目录所有子目录和文件
实例
6:ls –lR
含义:逐级显示当前目录及子目录下所有子目录和文件
命令
5:
cat
用途:显示或编辑文本文件
实例
1:cat > cat1
含义:往 cat1 中逐行输入文本,用 Ctrl-D 结束输入
实例
2:cat >> cat1
含义:往 cat1 中逐行追加文本,用 Ctrl-D 结束输入
实例
3:cat cat1
含义:显示文本文件 cat1 中的内容
命令
6:
less
用途:显示文件内容
实例
1:less 209hba.list
含义:逐屏显示文件 209hba.list 内容,回车进一行,空格进一页,q 终止显示
命令
7:
cp
用途:复制文件
实例
1:cp seq1 seq2
含义:将文件 seq1 复制到文件 seq2 中,保留 seq1
实例
2:cp *.fasta ../keep/
含义:将所有文件名以.fasta 结尾的文件复制到上级目录的 keep 子目录中
实例
3:cp ../seq/hba_human.sw .
含义:将上级目录的 seq 子目录中名为 hba_human.sw 的文件复制到当前目录中
实例
4:cp /tmp/tf/zmtf-pep.fasta blast/
含义:将/tmp 目录中 tf 子目录中名为 zmtf-pep.fasta 的文件复制到当前目录中名为
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blast 的子目录中
命令
8:
mv
用途:更改文件名
实例
1:mv seq1 seq2
含义:将文件 seq1 改名为 seq2,不保留 seq1
实例
2:mv hba_human.fasta pku08s1/hba
含义:将当前目录下文件 hba_human.fasta 移到子目录 pku08s1 下的子目录
hba 中
命令
9:
rm
用途:删除文件或目录
实例
1:rm seq2
含义:删除文件 seq2
实例
2:rm *.txt
含义:删除所有以.txt 结尾的文件
实例
3:rm –r temp/*
含义:删除子目录 temp 下所有子目录和文件,保留该目录
实例
4:rm –r temp
含义:删除子目录 temp 和该目录下所有子目录和文件
命令
10:
chmod
用途:改变文件或目录权限
实例
1:chmod –w ppf1.fas
含义:取消所有用户对 ppf1.fas 的写权限
实例
2:chmod +w seq1
含义:将当前目录下 seq1 设置为本用户可写,其他用户权限不变
实例
3:chmod -w keep/
含义:取消子目录 keep 写权限,不能在该目录下创建和删除文件或子目录
实例
4:chmod 755 bin/*
含义:将子目录 bin 下所有文件设置为本用户可读可写可执行,其它用户可读可执行